Respecter l'environnement est l'une des valeurs fortes de la Fédération Française de Canoë kayak et par conséquent du comité régional de Bourgogne.
Le canoë kayak est d'ailleurs un moyen de découverte du milieu naturel et d'exploration extraordinaire. Depuis de plusieurs années, de nombreuses actions liées à la découverte et à la protection du milieu naturel ont été mises en place par les structures canoë kayak.
C'est en 2000 que le Comité Régional de Bourgogne de Canoë kayak a lancé la charte de l'EcoPagayeur destinée à valoriser et protéger les parcours nautique de canoë kayak.
Plus que la sensibilisation, les acteurs du canoë kayak bourguignons veulent désormais avoir un rôle d'éducation relative à l'environnement auprés de ses 1500 adhérents et 25 000 pratiquants annuel.
A ce jour 15 clubs bourguignons sur 31 ont signé cette charte. Ils représentent 800 adhérents et 5000 pratiquants.
Les clubs signataires : Nevers, Avallon, Arc sur Tille, comité départemental de l'Yonne, Sens, Gueugnon, Auxerre, Louhans, Decize, St Jean de Losne, Ste Marie sur Ouche, Dijon, Fleurey, Cosne, Toucy.
Trois collèges ont aussi signé la charte EcoPagayeur :
Les Lentillères, Montchapet, Gevrey Chambertin.