En 2000 , le comité régional de Bourgogne a créé la charte EcoPagayeur destinée a valoriser et protéger l'environnement au travers de la pratique du canoë kayak.

En 2002, le comité régional de Bourgogne de canoë-kayak concevait et éditait le guide environnement et pagaies couleurs, destiné à renforcer la compétence des animateurs canoë-kayak en matière d'environnement en s'appuyant sur les contenus du système de progression Pagaies Couleurs.

Aprés la mise en place de la charte dans 16 clubs de la région, la formalisation des axes du schéma nautique canoë kayak, ou la parution du guide environnement et Pagaies Couleurs, le comité régional va désormais s'attacher à la mise en place de parcours labellisés EcoPagayeur et à la production de nouveaus outils pédagogiques.

En 2007, le comité régional crée le parcours EcoPagayeur qui s'inscrit dans une politique de valorisation et de protection du milieu naturel. Le label "parcours EcoPagayeur" est un concept déposé par le comité régional de Bourgogne de canoë kayak. Il est destiné à valoriser un parcours ou un site de pratique aménagé et adapté à la découverte de son environnement (naturel et humain) pour un large public (jeune, adulte, scolaire, handicapé, etc...). Le comité régional souhaite par ce dispositif valoriser, conserver et protéger le patrimoine nautique tout en contribuant à étoffer l'offre touristique sur la région avec les partenaires concernés.